赤と黒編
この物語はすっかり人間がいなくなった世界から始まる。
でも人間にそっくりな残存種と人間の模倣でできたアンドロイドは残っている。
他は何もわからない。真っ黒な海だけがそこに広がっている。
一体ここで何があったんだろうと皆が思う。
置いてけぼりじゃあない。ちょっと眺めてみたり、振り返ったりしてみよう。
いいじゃないか。氷が溶けるまでは、まだまだ時間がかかる。
MTSQ１：残存種メタセコイア
黒く染まった海を渡るものが二人
食料を求め、荒廃した巨大施設の扉を開ける
MTSQ２:黒の時代に
残存種ラナが復活させたアンドロイド、ヴィジェー
彼女と共にラナは再び第二格納庫へ潜る
そこで手に入れたものとは……
MTSQ３:丘の上の道化
御星様の麓で揺れる人間たち
新型アンドロイド・ルイーゼは技術者ジャミソンの元で生活することになるが……
アンドロイド ルイーゼを通して語られる赤と黒の間
MTSQ4:顔の暴落
ATRAS本社を襲撃するW・Mと呼ばれる謎の機体
迎え撃つATRAS社の戦闘用アンドロイド"TITAN"
死闘中、星団の使者が現れ……
MTSQ5:人工賛歌《諦念》
W・M襲撃後、修復作業が進むATRAS本社では星団の使者スルバランが生き残ったTITANとの接触を図っていた
一方、辺境で暮らすルイーゼはシリルと約束していた買い出しに出かける
そして"徘徊者"と呼ばれる人々と接触するが・・・